I fylogenetiske træer bliver arter og organismer betegnet som taxon (flertal: taxa). Træets spidser indeholder hver mere end én taxon, se figur 3. Hvis man følger en taxon tilbage, ned langs grenene, er hver forgrening ensbetydende med en fælles stamfader. Med andre ord er forgreningspunktet det sted, hvor en taxon udviklede sig til to forskellige taxa. Disse to taxa har hver en gren ud fra forgreningspunktet, og de betegnes derfor som søstergrupper. I figur 3 er taxa A og B søstergrupper, da de begge stammer fra stamfader III.
Alle taxa , der er udviklet fra en fælles stamfader, kaldes for monofyletiske grupper (eng. clade). I figur 3, hører taxon A, B, C og stamfader III til samme monofyletiske gruppe, da de alle udspringer fra stamfader II. Monofyletiske grupper kan dannes, da medlemmerne i de forskellige grupper vil have en række enskarakteristika, som de alle har arvet fra deres fælles stamfader.
Et fylogenetisk træ kan både være rodet eller ikke-rodet. Når der her skrives rodet, er det ikke ensbetydende med uorden, men derimod et udtryk for en kronologisk udvikling af træets taxa.
Et ikke-rodet træ viser, hvorledes træets taxa er beslægtet med hinanden, men giver ikke noget billede af udvikling i forhold til, hvilke taxa der ældst og yngst. Et ikke-rodet træ benyttes derfor, hvis udviklingen er underordnet og man blot ønsker at se, hvorledes træets taxa er grupperet.