Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion

NCBI

Oversigt over brug af værktøjet

National Center for Biotechnology Information (NCBI) er en af de mest omfattende og benyttede databaser. Hos NCBI kan man finde information om næsten alle kendte DNA- og proteinsekvenser (find den her).

Beskrivelse

Internetsiden hos NCBI er bygget op omkring mange forskellige databaser, bl.a. sekvensdatabaser for nukleotider og proteiner. Udover sekvensdatabaser, har NCBI også tilknyttet databaser for hele genomprojekter og litteratur (PubMed) samt forskellige programmer som f.eks. søgemaskinen BLAST.

Det store antal databaser er med til at gøre søgning på NCBI til en af de mest omfangsrige. NCBI er derfor en god internetside at benytte, når man skal finde informationer om:

  • DNA- og proteinsekvenser ved at søge på enten navn, funktion, organisme, accession-nummer eller lignende.
  • Videnskabelige artikler om en given DNA- eller proteinsekvens.
  • Funktionen af en ukendt DNA- eller proteinsekvens.

Generel guide

Ved at benytte NCBI til informationssøgning vil man automatisk søge på tværs af biologisk relaterede databaser. Resultatet af søgningen er omfangsrigt på grund af de store databaser, og det er derfor vigtigt at specificere sin søgning. Specificering kan eksempelvis gøres ved at vælge, hvilken database man vil søge mod. Valg af database afhænger af, om man vil søge efter DNA- eller proteinsekvenser. Søgning på NCBI giver ofte et resultat med mange sekvenser. Hver sekvens, der er tilgængelig gennem NCBI har sin egen side med information, en GenBank-side. Man kan gå til en sekvens-GenBank-side ved at klikke på sekvensens understregede navn på resultatsiden.

Figur 22. Forsiden på NCBI, februar 2020. 

bioinfo_NCBI_søgning

Figur 23. Resultatet af en søgning efter proteinsekvensen for insulin.