Ekstra materiale

Denne side indeholder ekstramateriale.
Ekstramaterialet består af uddybende forklaringer og eksempler i tilknytning til nogle af de emner, der berøres i materialet.

  • Se et eksempel på formatet FASTA her (PDF).
  • Se et eksempel på en UniProt-side her (PDF).
  • Se en liste over PyMol-kommandoer her (internt link).
  • Se en liste over PyMol-kommandoer fra PyMols internet side her (eksternt engelsk link).

Artikler, der henvises til i materialet:

  • Fylogeni og evolutionsteori her (PDF, engelsk introduktion til emnet).
  • Gyldendals Store Danske Encyklopædi om evolution: Gå til siden.
  • Gyldendals Store Danske Encyklopædi om fylogeni: Gå til siden.
  • Artikel om superbabyer: Gå til siden (ekstern engelsk artikel fra singularityhub.com, 2009).

Her er en liste med nyttige kommandoer til PyMol.

Kommandolinje kommandoer:

Hent protein

Hent protein:

fetch PDB ID

Find kæder/dele:

show labels

Visualiserings strukturer

Vis alt:

show everything                                                 

Gem alt:

hide everything

Vis båndstruktur:

show ribbon

Vis tegningsstruktur:

show cartoon

Vis overfladestruktur:

show surface

Vælg dele

Vælg specifikke dele:

sele NAVN_PÅ_DELEN, DELENS_PYMOL_NAVN

Eksempler:

Vælg kæde A:

sele A, chain A

Vælg aminosyre 1 til 100:

sele aminosyre1-100, resi 1-100

Vaæl aminosyre 1, 3 og 6:

sele aminosyre1_3_6, resi 1+3+6

Vælg aminosyre 3 på kæde B:

sele position3, chain B resi 3

 

Farvning

Farv hele proteinet:

color FARVEN

Eksempel:

color red

Farv en specifik kæde:  color FARVEN, KÆDEN

Eksempel:

color red, chain A  

Farv en specifik del defineret af brugeren:

color FARVEN, DEL_NAVNET

Eksempel:

color red, position3  

NB! Inde dele farves, kan delen eventuelt først vælges ved at benytte sele kommandoen.

Sammenligning (eng. aligne)

Sammenligne to proteiner:

align PROTEIN 1, PROTEIN2

Zoom

Zoom ind på hele proteinet:

zoom all

Zoom ind på en specifik del

zoom NAVN_PÅ_DEL

Eksempel:

zoom chain A eller zoom position3

Zoom ind på en specifik del med en specifik Angstrøm

zoom NAVN_PÅ_DEL, ANGSTRØM

Eksempel:

zoom chain A, 8

 

ASHLC taster:
Tasterne kan benyttes til at lave de samme kommandoer som ved brug af kommandolinjen. Dog er der visse kommandoer, der er lettere gøres ved at bruge ASHLC tasterne. Dette er f.eks. generel visning/ikke-visning samt farvning af hele proteinet.
Nedenfor er visse eksempler.

Gem vandmolekyler: H-tast → hydrogens 
Vis sidekæder: S-tast → side chain → sticks 
Farv ift. den sekundære struktur:C-tast → by ss → DEN ØNSKEDE FARVE
Put mærkater på aminosyre, kæder eller atomer:L-tast →  residue, chain, segment eller atom → name