Eksperimentelt arbejde

ELISA

I denne video kan du høre om ELISA, som er en bioteknologisk metode til at detektere antigener eller antistoffer.

Før du ser videoen

Du bør kende lidt til antistoffer, antigener og enzymer inden du ser denne video.

Når du har set videoen

Du kan se videoen ‘Western blotting’, som beskriver en metode til at detektere proteiner ved hjælp af bl.a. antistoffer. Western blotting minder derved en smule om ELISA. Du kan finde videoen i menuen til venstre.

Opgaver til ELISA

1. Hvad kan ELISA ikke detektere?
   1. Antistoffer.
   2. Gener.
   3. Antigener.
2. Hvad detekterer direkte ELISA?
   1. Antigener.
   2. Antistoffer
   3. Gener.
3. Hvad detekterer indirekte ELISA?
   1. Gener.
   2. Antigener.
   3. Antistoffer.
4. Hvorfor kaldes direkte ELISA for sandwich-ELISA?
   1. Fordi der dannes et antistof-antigen-antistof kompleks.
   2. Fordi der dannes et antigen-antistof-antigen kompleks
   3. Fordi der dannes et enzym-antistof-enzym kompleks.
5. Hvordan foregår direkte ELISA?
6. Hvordan foregår indirekte ELISA?
7. Hvad kan man bruge ELISA til?

Gaskromatografi

Gaskromatografi kan bruges til at adskille og analysere stoffer, som kan bringes på gasform. I denne video får du en introduktion til metoden.

Før du ser videoen

Det vil være en fordel at kende til begreberne kromatografi, polaritet og flygtighed, før du ser denne video.

Når du har set videoen

Du kan høre om en anden kromatografisk metode, nemlig søjlekromatografi, ved at vælge videoen i menuen til venstre.

Opgaver til Gaskromatografi

1. Hvilke stoffer kan analyseres ved gaskromatografi?
   1. Kun heptan og kloroform.
   2. Alle stoffer, der kan komme på gasform.
   3. Alle molekyler.
2. Hvad er den mobile fase i gaskromatografi?
   1. En gas, der bærer de stoffer, der skal analyseres, rundt i gaskromatografen.
   2. En væske, der opløser gasserne, der skal analyseres.
   3. En væske, der trækker stofferne rundt, mens de bliver analyseret.
3. Hvad er den stationære fase i gaskromatografi?
   1. Materiale i søjlen, som gasserne skal trænge gennem.
   2. Materiale på indersiden af søjlen, som forsinker stofferne.
   3. Materiale for enden af søjlen, hvor stofferne sætter sig fast.
4. Hvad analyserer man ved gaskromatografi?
   1. Hvor hurtigt et stof på gasform kan komme gennem gaskromatografen.
   2. Hvor meget af et stof der sidder fast i gaskromatografen.
   3. Hvor langt et stof kan bevæge sig i gaskromatografen før det sidder fast.
5. Hvor analyseres prøven i graskromatografi?
   1. Når prøven kommes ind i gaskromatografen.
   2. Hele vejen gennem gaskromatografen.
   3. Når prøven kommer ud af gaskromatografen.
6. Er stofferne, der kommes ind i gaskromatografen, kun gasser?
7. Hvilke faktorer kan gøre, at stoffer kommer hurtigere gennem gaskromatografen?
8. Hvad kan molekyler i gaskromatografi adskilles efter?

Gelelektroforese

I denne video kan du lære om gelelektroforese, som er en metode til at adskille DNA.

Før du ser videoen

Det er en fordel at kende til strukturen af DNA og principperne i PCR-metoden, inden du ser denne video. Du kan se videoen om PCR ved at vælge den i menuen til venstre.

Når du har set videoen

Du kan løse opgaverne nedenfor og finde ud af, om du kan huske alle oplysningerne fra videoen.

Opgaver til Gelelektroforese

1. Hvilken vej går strømmen gennem gelen?
   1. Fra den positive til den negative elektrode.
   2. Fra den negative til den positive elektrode.
2. Hvilke molekyler er ansvarlige for at gøre gelen sværere at trænge gennem?
   1. Arginin.
   2. Adenin.
   3. Agarose.
3. Hvorfor skal gelen køre i f.eks. 40 minutter?
   1. Fordi DNA prøverne skal nå at synke ned i gelen.
   2. Fordi DNA prøverne skal nå at blive trukket med strømmen gennem gelen.
   3. Fordi DNA prøverne skal have tid til at binde til farvestoffet.
4. Hvordan kan man se DNA prøver på en gel?
   1. Man kommer vand på gelen og ser, hvor den bliver opløst.
   2. Man lyser på det med den rigtige farve lys.
   3. Man kommer et stof i, der binder til DNA, og bruger så UV-lys.
5. Hvad er en DNA-stige?
   1. En prøve med DNA stykker af kendte længder, som man bruger som reference.
   2. En liste over bestemte længder af DNA man kender til i forvejen.
   3. En gel man laver med en masse forskellige DNA stykker, så mønstret ligner en stige.
6. Hvorfor bevæger DNA sig med strømmen?
7. Hvorfor bevæger små DNA molekyler sig hurtigere gennem gelen?
8. Hvordan kan gelelektroforese bruges i sammenhæng med PCR?

Gensplejsning

I denne video kan du lære om gensplejsning og om de forskellige trin, der indgår.

Før du ser videoen

Du kan med fordel se videoen om PCR-metoden, før du går i gang med denne video.

Når du har set videoen

Du kan eksempelvis gå videre med at se videoen om Sanger sekventering.

Opgaver til Gensplejsning

1. Hvad er en vektor?
   1. Enkeltstrenget DNA med GFP-genet eller andre gener, der skal indsættes.
   2. Dobbeltstrenget DNA med GFP-genet eller andre gener, der skal indsættes.
   3. Dobbeltstrenget RNA med GFP-genet eller andre gener, der skal indsættes.
2. Hvilken rolle har et restriktionsenzym i gensplejsning?
   1. Det sørger for, at vektoren kommer ind i organismen.
   2. Det oversætter generne til proteiner.
   3. Det klipper i vektoren, så et gen kan sættes ind.
3. Hvilken rolle har ligase-enzymet i gensplejsning?
   1. Det reparerer vektoren, når genet er blevet sat ind.
   2. Det sørger for, at vektoren ikke sætter sig sammen med sig selv igen.
   3. Det hjælper med at gøre DNAet enkeltstrenget.
4. Hvad kaldes det, når en vektor skal sættes ind i en organisme?
   1. Transkription.
   2. Transformation.
   3. Translation.
5. Hvad er elektrochok?
   1. En metode til transformation.
   2. En metode til restriktionsfordøjelse.
   3. En metode til ligering.
6. Hvad er forskellen på naturlig forædling og gensplejsning?
7. Hvorfor er sticky ends bedre end blunt ends?
8. Hvorfor kan man bruge en genkanon til at få en vektor ind i en organisme?

Northern blotting

Northern blotting er en metode til at detektere bestemte RNA-sekvenser. I denne video hører du om, hvordan denne metode fungerer.

Før du ser videoen

Det er en fordel at have set videoen om Gelelektroforese, før du ser denne video.

Når du har set videoen

Du kan gå videre til at høre om de andre blotting-metoder, Southern blotting og Western blotting. Du finder videoerne i menuen til venstre.

Opgaver til Northern blotting

1. Hvad detekterer northern blotting?
   1. DNA.
   2. RNA.
   3. Proteiner.
2. Hvad beslutter længden af RNA-molekylerne?
   1. Længden af DNA-molekylerne, RNA-molekylerne er lavet ud fra.
   2. Antallet af DNA-molekyler, RNA-molekylerne er lavet ud fra.
   3. Det afhænger af genet, RNA-molekylerne er lavet ud fra.
3. Hvordan skilles RNA-molekylerne ad?
   1. Ved gelelektroforese.
   2. Ved radiografi.
   3. Ved kapillær overførsel.
4. Hvorfor er det en fordel af bruge basisk overførsel, når RNA-molekylerne skal overføres fra gelen til membranen?
   1. Basen neutraliserer RNA-molekylernes ladning.
   2. Basen denaturerer RNA-molekylerne og skiller dem ad.
   3. Basen sørger for, at RNA-molekylerne formes ordentligt.
5. Hvordan immobiliseres RNA-molekylerne i membranen?
   1. Med UV-lys.
   2. Med en base.
   3. Med en probe.
6. Hvorfor kan det være interessant at undersøge, om der er RNA til stede?
7. Hvordan kan RNA-molekylerne overføres fra gelen til membranen?
8. Hvordan kan man spore RNA-molekylerne på membranen?

Real-time PCR

I denne video kan du lære om metoden, Real-time PCR. Det er en type PCR, som gør det muligt at bestemme mængden af en bestemt DNA-sekvens i en prøve.

Før du ser videoen

Det er en god idé at kende til principperne i PCR, før du ser denne video. Du kan derfor med fordel se videoen om PCR inden. Du kan finde den i menuen til venstre.

Når du har set videoen

Efter du har set videoen om Real-time PCR, kan du gå videre til at lære om sekventering. Denne metode bruges til at sikre, at det rigtige DNA er opformeret ved PCR-reaktionerne. I menuen til venstre kan du vælge videoen Sanger sekventering.

Opgaver til Real-time PCR

1. Hvad måler man med real-time PCR, som man ikke kan måle med PCR?
   1. Mængden af DNA, der bliver opformeret.
   2. Alle fluorescerende molekyler, der findes i prøverne.
   3. Hvor hurtigt opformeringen går.
2. Hvilket molekyle bruges til real-time PCR?
   1. SYBR Blue.
   2. SYBR Green.
   3. SYBR Red.
3. Hvad er en tærskelværdi?
   1. En bestemt mængde af DNA, der skal kommes i prøverne.
   2. Det maksimale niveau af fluorescens, der kan være.
   3. Et niveau af fluorescens, der mindst skal være, for at målingen er sikker.
4. Hvorfor bruger man en smeltepunktanalyse sammen med real-time PCR?
   1. For at finde ud af, hvornår fluorescensen er størst.
   2. For at se, hvor fluorescensen kommer fra i prøven.
   3. For at sikre sig, at man har opformeret det rigtige DNA.
5. Hvad sker der med fluorescensen, når DNA-molekylerne i real-time PCR varmes op til smeltepunktet?
   1. Fluorescensen falder med stigende hastighed og falder hurtigst ved smeltepunktet.
   2. Fluorescensen stopper øjeblikkeligt ved smeltepunktet.
   3. Fluorescensen stiger omkring smeltepunktet og forsvinder igen bagefter.
6. Hvornår ser man fluorescens i real-time PCR og hvorfor ser man fluorescens?
7. Hvad betyder Ct-værdien?
8. Hvorfor betyder en lav Ct-værdi meget DNA?
9. Hvad kan man f.eks. bruge real-time PCR til i forhold til PCR?

Sanger-sekventering

Sekventering er et helt afgørende værktøj inden for bioteknologi og det bruges i stigende grad. I denne video kan du lære om principperne bag Sanger-sekventering.

Opgaver til Sanger-sekventering

1. Hvad er et di-deoxynukleotid (ddNTP)?
   1. Et nukleotid, der mangler en OH-gruppe på ribosen.
   2. Et nukleotid, der mangler to OH-grupper på ribosen.
   3. Et nukleotid, der mangler tre OH-grupper på ribosen.
2. Hvilken af disse skal ikke bruges til sekventering?
   1. DNA-polymerase.
   2. DNA, der skal sekventeres.
   3. DNA-ligase.
3. Hvilke nukleotider tilsættes til sekventeringen?
   1. dNTP’er (deoxynukleotider).
   2. ddNTP’er (di-deoxynukleotider).
   3. Begge af ovenstående.
4. Hvor placerer man mærkningen på det DNA, der skal sekventeres?
   1. På alle baserne af det DNA, der skal sekventeres.
   2. På ddNTP’erne.
   3. På primerne, der bruges til sekventeringen.
5. Hvilken af disse mærkninger kan bruges til sekventeringen?
   1. Fluorescerende mærkning.
   2. Botanisk mærkning.
   3. Enzymatisk mærkning.
6. Hvad er formålet med dideoxynukleotider i sekventeringen?
7. Hvorfor får man forskellige længder af DNA, når man laver sekventeringen?
8. Hvordan kan man se sekvensen af DNA ud fra mærkningerne?

Adskillelse af proteiner ved SDS-PAGE og isoelektrisk punkt

Det er meget anvendeligt at kunne adskille forskellige proteiner. Her forklares det, hvordan proteiner både kan adskilles efter deres isoelektriske punkt og deres størrelse.

Før du ser videoen

Du kan med fordel lære lidt om proteiner, før du ser denne video.

Når du har set videoen

Efter du har set denne video, kan du lære om Western blotting, som er en metode, hvor SDS-PAGE anvendes til adskillelse af proteiner. Videoen findes i menuen til venstre.

Opgaver til Adskillelse af proteiner ved SDS-PAGE og isoelektrisk punkt

1. Hvad er SDS?
   1. Et molekyle.
   2. En gel.
   3. En teknik.
2. Hvad gør SDS ved proteinerne?
   1. Det sætter flere proteiner sammen.
   2. Det sørger for, at alle proteinerne har samme form og struktur.
   3. Det folder proteinerne ud og gør dem negative.
3. Hvorfor kaldes metoden SDS-PAGE?
   1. PAGE-teknikken adskiller proteinerne på en SDS-gel.
   2. SDS-molekylerne sørger for, at proteinerne kan adskilles på en PAGE-gel.
   3. SDS-teknikken bruges sammen med PAGE-molekylerne.
4. Hvad placerer proteinerne på SDS-PAGE gelen?
   1. Deres størrelse, da de bliver tiltrukket af den negative ladning og de store proteiner bevæger sig langsommere end de små proteiner.
   2. Deres struktur, der gør at mere sammenkrøllede proteiner bevæger sig hurtigere.
   3. Antallet af aminosyrer i proteinerne, da et mindre antal aminosyrer gør, at proteinerne bevæger sig hurtigere.
5. Hvad placerer proteinerne på en gel efter isoelektrisk punkt?
   1. Proteinerne bliver tiltrukket af lave pH-værdier, jo lavere det isoelektriske punkt er, jo højere pH-værdier placerer proteinet sig ved.
   2. Proteinerne placerer sig ved den pH-værdi, der svarer til deres isoelektriske punkt.
   3. Proteinerne placerer sig tættere på den midten mellem elektroderne, jo højere det isoelektriske punkt er.
6. Hvorfor er proteiner svære at adskille efter størrelse?
7. Hvad er proteiners isoelektriske punkt?
8. Hvordan laves en 2D-elektroforese?

Southern blotting

Southern blotting gør det muligt at detektere specifikke DNA-sekvenser i en prøve. I denne video kan du lære om principperne bag metoden.

Før du ser videoen

Det er en fordel at kende til metoden, gelelektroforese, inden du ser denne video. Du kan vælge videoen Gelelektroforese i menuen.

Når du har set videoen

Du kan høre om de to andre blotting-metoder, nemlig Northern blotting og Western blotting ved at vælge disse videoer i menuen til venstre.

Opgaver til Southern blotting

1. Hvad detekterer southern blotting?
   1. DNA.
   2. RNA.
   3. Proteiner.
2. Hvordan kan hele DNA-stykker adskilles efter længde?
   1. De køres på gelen sammen med molekyler, der stabiliserer DNA-molekylerne.
   2. De skal køres hver for sig, før det kan lade sig gøre.
   3. De er for lange til at køres, de skal først klippes i mindre stykker.
3. Hvordan skilles DNA-molekylerne ad?
   1. Ved radiografi.
   2. Ved kapillær overførsel.
   3. Ved gelelektroforese.
4. Hvorfor placeres gelen i en base, når DNA-stykkerne skal overføres til en membran?
   1. Fordi basen neutraliserer DNA-molekylerne.
   2. Fordi basen løsner DNA-molekyler fra gelen.
   3. Fordi basen denaturerer DNA-molekylerne, så strengene skilles ad.
5. Hvorfor skal DNA-molekyler immobiliseres i membranen?
   1. Så de sidder fast i membranen, når overførslen er færdig.
   2. Så de kan bevæge sig rundt i membranen med ikke forlade den.
   3. Så de kan fjernes fra membranen igen.
6. Hvorfor vil man gerne kunne genkende DNA-sekvenser?
7. Hvordan kan DNA-molekylerne overføres fra gelen til membranen?
8. Hvad er den probe, man bruger til at detektere DNA på membranen?

Spektrofotometri

Med et spektrofotometer kan man bestemme mængden af lys, som et stof absorberer ved en bestemt bølgelængde. I denne video kan du lære om metoden spektrofotometri.

Når du har set videoen

Du kan teste, om du kan huske de vigtigste ting fra videoen ved at kigge på spørgsmålene nedenfor.

Opgaver til Spektrofotometri

1. Hvad er et spektrofotometer?
   1. En maskine, der udsender imiteret sollys mod en prøve og måler, hvor meget lys, der bliver reflekteret.
   2. En maskine, der udsender lys af én bølgelængde mod en prøve og måler, hvor meget der kommer gennem prøven.
   3. En maskine, der udsender lys af flere forskellige bølgelængder mod en prøve og måler, om lyset bliver afbøjet.
2. Hvordan defineres en farve?
   1. Ved en bølgelængde.
   2. Ved et molekyle.
   3. Ved at definere det i forhold til kontraster.
3. Hvis et farvestof er grønt, reflekterer det så kun farver med en grøn bølgelængde?
   1. Ja, det reflekterer kun lys af én bølgelængde, der opfattes som grønt lys.
   2. Ja, men det kan godt reflektere lys af flere forskellige grønne bølgelængder.
   3. Nej, det kan også reflektere en blanding af bølgelængder, der opfattes som grønt lys.
4. Hvad kaldes den beholder, som en prøve kommes i?
   1. Et fotometer.
   2. En kuvette.
   3. En absorbans.
5. Hvad står I₀ for, hvis man måler på et stof opløst i en kuvette?
   1. Intensiteten af lys der måles, hvis der ikke er noget stof opløst i kuvetten.
   2. Intensiteten af lys der udsendes af spektrofotometret.
   3. Intensiteten af lys der måles, hvis der ikke er nogen kuvette i spektrofotometret.
6. Hvad er en standardkurve, og hvordan bruges den?
7. Hvordan defineres ekstinktionskoefficienten?
8. Hvad er forskellen på absorbans og optisk densitet?

Søjlekromatografi

Søjlekromatografi er en metode, der gør det muligt at adskille proteiner efter forskellige egenskaber, eksempelvis størrelse eller polaritet. Du kan lære mere om søjlekromatografi i denne video.

Når du har set videoen

Lær om to andre kromatografiske metoder, nemlig Gaskromatografi og Tyndtlagskromatografi ved at vælge videoerne i menuen til venstre.

Opgaver til Søjlekromatografi

1. Hvad er søjlekromatografi opkaldt efter?
   1. De søjler, eluatet samles op i.
   2. Den søjle, prøverne løber gennem.
   3. Den søjle, der bruges til at hælde prøverne op i den stationære fase.
2. Hvad består den stationære fase af i søjlekromatografi?
   1. Materialer, der sidder fast inde i søjlen, som prøven løber gennem.
   2. Proteiner, der sidder i et filter på toppen af søjlen, som prøven løber gennem.
   3. Ioner, der findes i de prøveglas, som eluatet samles op i.
3. Hvad er den mobile fase i søjlekromatografi?
   1. Den buffer, der blandes i prøven før den kommes på søjlen.
   2. Den væske, der tilsættes i søjlen – kan være både prøve og buffer.
   3. Den væske, der samles op som eluat i prøveglas.
4. Hvordan analyseres prøverne, der analyseres ved søjlekromatografi?
   1. Ved indikator i eluatet, der indikerer, om proteiner er blevet elueret eller ej.
   2. Ved elektroder i de prøveglas, hvori eluatet er opsamlet.
   3. Ved en detektor, der sporer proteiner i eluatet.
5. Hvilken faktor gør gelfiltreringskromatografi anderledes end affinitetskromatografi eller ionbytningskromatografi?
   1. Der bruges buffer.
   2. Der bruges ingen ligand.
   3. Der bruges udskylning, før proteinerne kommer gennem søjlen.
6. Hvilke proteiner kommer først gennem søjlen i gelfiltreringskromatografi, og kommer de alle gennem søjlen på én gang?
7. Hvilke proteiner kommer først gennem søjlen i ionbytningskromatografi, og kommer de alle gennem søjlen på én gang?
8. Hvilke proteiner kommer først gennem søjlen i affinitetskromatografi, og kommer de alle gennem søjlen på én gang?

Tyndtlagskromatografi

Tyndtlagskromatografi bruges til at adskille stabile stoffer, eksempelvis lipider og farvestoffer. Lær mere om tyndtlagskromatografi i denne video.

Når du har set videoen

Lær om to andre kromatografiske metoder, nemlig Gaskromatografi og Søjlekromatografi ved at vælge videoerne i menuen til venstre.

Opgaver til Tyndtlagskromatografi

1. Hvad kan tyndtlagskromatografi (TLC) ikke bruges til at adskille?
   1. Farvestoffer.
   2. Ustabile stoffer.
   3. Lipider.
2. Hvad kaldes den stationære fase i tyndtlagskromatografi?
   1. Gel.
   2. Reagens.
   3. Absorbant.
3. Hvad er den mobile fase i tyndtlagskromatografi?
   1. Væsken i kromatografikarret.
   2. Væsken, der kommes på absorbanten.
   3. Væske, der bruges til at oprense prøverne.
4. Hvor placeres prøven, der skal analyseres?
   1. I kromatografikarret.
   2. På absorbanten.
   3. Under pladen med absorbanten.
5. Hvordan kan prøver ses, når tyndtlagskromatografien er afsluttet?
   1. Ved UV-belysning.
   2. Ved oprensning med ligander.
   3. Ved detektionsreagens og forkulning.
6. Hvad består den stationære fase af i tyndtlagskromatografi?
7. Hvad sker der med den stationære fase og den mobile fase, når en prøve skal analyseres?
8. Hvad afgør, hvordan en prøve opfører sig, når prøven skal analyseres?

Western blotting

I denne video kan du lære om Western blotting, som er en metode, der bruges til at detektere specifikke proteiner.

Før du ser videoen

Du kan med fordel se videoen Adskillelse af proteiner ved SDS-PAGE og isoelektrisk punkt, inden du ser denne video.

Når du har set videoen

Lær om de to andre blotting-metoder, nemlig Southern blotting og Northern blotting, ved at vælge disse videoer i menuen til venstre.

Opgaver til Western blotting

1. Hvilken metode minder western blotting om?
   1. Søjlekromatografi.
   2. ELISA.
   3. PCR.
2. Hvilke stoffer bruges til at genkende proteiner?
   1. Ioner.
   2. Lipider.
   3. Antistoffer.
3. Hvilken rolle spiller SDS-PAGE i western blotting?
   1. Det adskiller proteinerne.
   2. Det sørger for, at proteinerne er neutrale.
   3. Det binder antistofferne til de rigtige proteiner.
4. Hvorfor kan proteiner overføres til en membran ved elektroblotting?
   1. Ladningen i gelen frastøder de neutrale proteiner.
   2. Proteinerne er negative fra SDS-PAGE og trækkes mod den positive elektrode.
   3. Membranen tiltrækker proteinerne.
5. Hvordan foregår elektroblotting?
6. Hvor mange forskellige antistoffer skal bruges til at detektere proteinerne?
7. BHvilken probe bruges til western blotting, og hvorfor bruger man en probe?