Der var ingen forskere på udkig efter Plectasin, da det i midten af 2002 blev fundet ved en tilfældighed. Kirk Matthew Schnorr var forskeren, der fandt Plectasin. Han var oprindeligt på udkig efter enzymer i P. Nigrella, hvortil han benyttede bioinformatik til at sammenligne forskellige gensekvenser, som kodede for enzymer og andre proteiner. De benyttede metoder kunne identificere enzymer og andre proteiner, der havde en signalsekvens. Disse signalsekvenser medfører, at det færdige protein vil blive transporteret ud af cellen. Når proteiner bliver transporteret ud af P. Nigrella skyldes dette, at nogle proteiner virker uden for cellen, idet de bruges til at bekæmpe andre mikroorganismer. Da antimikrobielle peptider (AMP’er) udøver deres effekt uden for cellen, har de derfor en signalsekvens. AMP’er som Plectasin transporteres ud af P. Nigrella, idet de er i stand til at dræbe konkurrerende mikroorganismer, hvilket er en fordel for svampen. Gennem brugen af bioinformatik fandt Kirk Matthew Schnorr en DNA-sekvens, der kodede for et lille protein af typen defensin. Defensiner er forsvarsstoffer, der er velkendt fra mennesker, dyr og højerestående planter. DNA-sekvensen blev videregivet til et Novozymes-team med forsker Hans-Henrik Kristensen i spidsen. Forskerne i dette team, der dagligt havde fokus på arbejdet med antimikrobielle peptider, kunne allerede efter få forsøg se, hvor lovende det lille peptid var.
Novozymes opdagede tidligt, at Plectasin havde en meget interessant og unik virkningsmekanisme, idet det ikke opførte sig på samme måde som andre antibiotika eller AMP’er. De fleste AMP’ers primære virkningsmekanisme ligger i deres evne til at binde sig til bakterielle cellemembraner og lave huller i dem, og da cellen ikke kan overleve længe uden en intakt cellemembran, vil celledød forekomme næsten øjeblikkeligt. Plectasin demonstrerer dog ikke denne effekt. Peptidet angriber i stedet bakteriens cellevæg. På denne måde vil det ikke have nogen toksisk effekt på mennesker, hvilket skyldes, at de eukaryote celler, som mennesker består af, ikke har nogen cellevæg. Herved vil Plectasin kun angribe bakterieceller, hvorved det opfylder et af de vigtige kriterier, der stilles til lægemidler. Den præcise måde, hvorpå Plectasin virker, kan beskrives ved kort at gennemgå bakteriens opbygning. Alle bakterier består af en cellemembran samt en stiv cellevæg uden på membranen, der beskytter cellen mod fremmede stoffer. Inde i cellen er der DNA, der koder for al den information, der er nødvendig for at opretholde liv. Derved koder DNA også for byggestenene til den beskyttende cellevæg. Da DNA’et findes inde i cellen, vil byggestenene, der udgør cellevæggen, også dannes inde i cellen. Disse skal dog transporteres hen til cellemembranen og gennem denne for at nå ud til det sted, hvor de skal bruges; nemlig uden for cellen. Transporten af cellevæggens byggestene ud af cellen udføres af molekylet lipid II. Det er her, at Plectasin kommer ind i billedet. Plectasin har nemlig vist sig at binde til og isolere lipid II, hvorved transporten af byggestenene ud gennem cellemembranen forhindres. Dette forhindrer biosyntesen af cellevæggen, og uden en cellevæg vil bakterien dø. Det er ikke klarlagt, om binding til lipid II er den eneste måde, hvorpå Plectasin udøver sin effekt på bakterieceller. Mange andre AMP’er har i flere forsøg demonstreret, at de har flere virkningsmekanismer. Dette er en af grundende til interessen for dem, da det er sværere for bakterier at blive resistente over for multifunktionelle antibiotika.