Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Moderne Genteknologi Teksten og billederne blev udarbejdet i forbindelse med Biotech Academy’s Camp 2020, og er blevet tilpasset projektet efterfølgende. USER kloning Uracil-Specific Excision Reagent (USER)-kloning er en metode til sammensætning af to eller flere DNA-sekvenser. Metoden bygger på brugen af Polymerase chain reaction (PCR) til at
Bioinformatiske værktøjer De følgende undersider beskriver en række af hyppigt anvendte værktøjer og databaser indenfor bioinformatik. BLAST FigTree NCBI GenBank PDB PyMol UniProt Virtual Ribosome Kroppens brændstof Kroppen er en kompleks maskine og lige som alle andre maskiner har kroppen brug for brændstof for at fungere. Mad indeholder næringsstofferne proteiner, kulhydrater og fedt
Simulér et ribosom — Virtual Ribosome Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion Oversigt over brug af værktøjet Virtual Ribosome er et online program, der benyttes til at translatere (oversætte) DNA-sekvenser til protein (find det her). I øvelse 1a – Aktin, fra mRNA til tredimensionelt protein arbejdes med Virtual Ribosome. Input DNA-sekvens der skal
Visualiser proteiner — PyMol Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion Oversigt over brug af værktøjet PyMol er et program, der bruges til at visualisere proteiners tredimensionelle opbygning (find det her). I øvelse 1d – Aktin, fra mRNA til tredimensionelt protein, øvelse 2c – Myostatins proteininteraktioner og organismers slægtsskab, Øvelse 3c – Bioinformatisk analyse af
Kend dit proteins struktur og funktion — PDB (Protein Data Bank) Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion Oversigt over brug af værktøjet Protein Data Bank (PDB) er en database, der indeholder proteiner og deres kendte tredimensionelle struktur (find den her). I øvelse 1c – Aktin, fra mRNA til tredimensionelt protein, øvelse 2b
DNA databasen — GenBank Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion Oversigt over brug af værktøjet GenBank er hoveddatabasen for kendte DNA-sekvenser, og den kan findes gennem NCBI’s internetside. Hver DNA-sekvens i GenBank har sin egen GenBank-side. GenBank-siden indeholder informationer om DNA-sekvensen, bl.a. hele nukleotidsekvensen, organismen den stammer fra, links
DNA og proteinbiblioteket — NCBI Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion Oversigt over brug af værktøjet National Center for Biotechnology Information (NCBI) er en af de mest omfattende og benyttede databaser. Hos NCBI kan man finde information om næsten alle kendte DNA- og proteinsekvenser (find den her). Beskrivelse Internetsiden
Sammenlign DNA/protein — BLAST Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Bioinformatik – En introduktion Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) er en metode til at sammenligne DNA- eller proteinsekvenser (find det her). I øvelse 3A – Bioinformatisk analyse af antistoffer og øvelse 4A – Identifikation og visualisering af ukendt protein arbejdes med brugen af BLAST. Oversigt over brug af værktøjet
Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Moderne Genteknologi Western blotting Western blotting kan bruges til at måle, om et bestemt protein er til stede. Forudsætter: Gelelektroforese (af protein) Western blotting bruges til at bestemme, om specifikke proteiner er til stede i en prøve. Metoden udnytter binding med bestemte antistoffer, der er lavet, så de netop genkender specifikke områder i
Denne underside hører til Biotech Academy’s gymnasie projekt Moderne Genteknologi Southern blotting Southern blotting bruges til at søge efter tilstedeværelsen af en specifik DNA-sekvens i en DNA-prøve. Forudsætter: Gelelektroforese (af DNA) og evt. restriktionsskæring. Southern blotting er en teknik til at bestemme om en specifik DNA-sekvens er til stede i en prøve. Metoden er derfor bl.a. egnet til at kontrollere,
