Med den baggrundsviden i har fået i teoriartiklerne vil det nu være muligt for jer, på kritisk vis, at bruge de bioinformatiske redskaber der er udviklet af Center for Biologisk Sekvensanalyse, til at udføre avancerede bioinformatiske søgninger i en ukendt DNA sekvens. Vi har samlet de 4 værktøjer i kan se på figur 1 i en samlet pakke. Denne pakke er udviklet specielt til dette undervisningsprojekt. Pakken hedder AMPept 1.0 Serveren. Denne er udviklet af Ph.D. studerende på Center for Biologisk Sekvensanalyse Kristoffer Kiil.  

Målet for jer er at finde et antimikrobielt peptid der er gemt i den DNA sekvens i får udleveret. I figur 1 nedenfor er fremgangsmetoden vist skematisk:

Figur 1: En figur der viser forløbet i øvelsen.

Som det ses skal i bruge alle elementerne fra teorien til at granske resultaterne fra de forskellige programmer. Computeren kan gøre rigtigt meget af arbejdet for os bioteknologer, men det er intet værd hvis der ikke sidder en kritisk person og evaluere computerens arbejde.  

Nedenfor kan i downloade en vejledning der vil hjælpe jer igennem arbejdet med bioinformatikken. Vi vil foreslå at i printer den ud og har den liggende ved siden af jer inden i går i gang med selve analysen.

Øvelsesvejledninger til alle Biotech Academys undervisninsprojekter kan findes på vores samlede vejledningssite.