Virtual Ribosome

Viden omkring codons og læserammer er essentiel for at forstå og bruge Virtual Ribosome. En kort beskrivelse af codons og læserammer kan findes her, og i infoboks 1+2.

Figur 1. En DNA-sekvens translateres til proteinsekvens. I Virtual Ribosome kan man undersøge en DNA-sekvens for mulige læserammer. Således kan man finde den korrekte aminosyresekvens, som DNA'et koder for.

Beskrivelse

Virtual Ribosome bruges til at translatere DNA-sekvenser til proteinsekvenser. Udover den direkte translation bruges Virtual Ribosome også til at analysere de 6 mulige læserammer, da programmet kan finde den mest sandsynlige læseramme for DNA-sekvensen. Hvis man har en ukendt DNA-sekvens er analysen af læserammer en stor fordel, da man ved at undersøge dem for den åbne læseramme kan finde protein-kodende gener i sekvenserne.

Input:	DNA-sekvens der skal translateres til et protein.
Output:	En aminosyresekvens der er lavet på baggrund af den bedste læseramme.

Generel guide

Når man går til internetsiden for Virtual Ribosome kommer man direkte ind på den startside, som kan ses i figur 2.

Figur 2. Startsiden for Virtual Ribosome.

Den DNA-sekvens, man ønsker at translatere, indtastes i felt 1 på figur 2, og den kan indtastes både med og uden "header".
En DNA-sekvens med header ser ud som nedenfor. Det er vigtigt at huske at skifte til en ny linje mellem header og selve nukleotid-sekvensen, da linjen adskiller dem:

>protein 1
AATGTGGACCTCAGTTGACTAGCAGTTAGGAGCACAGATGACAGTA

Et eksempel på en DNA-sekvens uden header:
ACCGGATGCGTAACAGATAGGGCACCCATGATGACGAACGTATAG

Sekvenser med headere af denne type kaldes for FASTA filer, og du kan se en udvidet beskrivelse her.

Hvis der ikke ændres på parametrene inden man kører Virtual Ribosome er det standardindstillingerne, der bliver brugt til translationen. Disse er følgende:

• Læseramme 1 benyttes, dvs. det er position 1 på den viste (positive) DNA-streng, der er det første nukleotid, som aflæses. Valg af læseramme kan ændres i felt 2 i figur 2 til den læse- eller de læserammer, man ønsker at bruge. 
  
  
• Der er ingen specificeret startcodon, dvs. at hele DNA-sekvensen oversættes til aminosyrer og ikke kun den åbne læseramme (mellem start- og stopcodon). Valg af den åbne læseramme ændres ved felt 3 i figur 2.
  Det anbefales, at denne ændres til Start codon: Strict. Dette betyder, at man tvinger translationen til at starte ved startcodonen ATG. Dette er den mest udbredte startcodon, og derfor også den codon der starter langt de fleste åbne læserammer. 

For at starte translationen skal man trykke på Submit query. 

Et output for Virtual Ribosome kan ses i figur 3. Som det fremgår af figuren kan man se både DNA- og proteinsekvens, hvor proteinsekvensen er den øverste. I eksemplet i figur 3 er der kun benyttet én læseramme. Hvis der havde været benyttet flere læserammer ville disse være ”stablet” ovenpå hinanden.De tre læserammer, der tilhører den positive DNA-streng, ville således være over DNA-sekvensen, og de tre, der tilhører den negative DNA-streng, ville være under DNA-sekvensen i baglæns aminosyrerækkefølge.

Hvis man vil gemme den translaterede proteinsekvens, kan man højreklikke på FASTA og trykke "Gem som". Proteinsekvensen bliver da gemt i FASTA format. 

Figur 3. Eksempel på et output fra Virtual Ribosome. 

I Øvelse 1. Aktin, fra mRNA til tredimensionelt protein (1.A) arbejder man med Virtual Ribosome.